環境管理體系認證書可以在當地政府服務中心辦理。如果是企業自行建立環境管理體系，并運行3個月以上，且具備以下條件：

1. 有相應的環境管理體系文件。

2. 建立了文件化的環境管理體系，并正式頒布。

3. 內部審核和管理評審已經進行。

4. 已經按照文件要求進行培訓。

5. 具備開展環境管理工作的資源。

則可以向有資質的認證機構（如中國船級社CCS、中國檢驗認證集團CCIC等）申請ISO14001環境管理體系認證，一般需要提交以下文件：

1. 環境手冊。

2. 環境管理體系程序文件、管理規定或實施手冊。

3. 環境管理體系內審計劃及記錄。

4. 環境管理體系管理評審計劃及記錄。

5. 培訓計劃及記錄。

6. 法律法規測試報告。

7. 重要環境因素評估報告/環境影響評價報告及批復。

8. 儀器、設備檔案（清單）。

9. 儀器、設備檢定或校準報告。

10. 車間/倉庫有害物質清單。

11. 現場環境檢測報告（必要時）。

12. 廠房平面布置圖/組織機構圖。

13. 營業執照和相關資質證明（必要時）。

14. EMS相關過程流程圖、關鍵環境因素分布圖（必要時）。

15. 其他認證證書或驗收報告（如有）。

16. 內審檢查表。

17. 內審不符合項整改報告、措施計劃完成情況記錄。

18. 證后監督計劃、不符合項匯總表、監督驗收報告及證書延續申請表。

以上材料準備齊全后，向有資質的認證機構提交申請，并進行現場審核和文件審核，審核合格后進行證書簽發和認證周期的評定。