1、三類醫療器械經營許可證辦理方式如下：
（1）申請人提交申請資料到相關部門；
（2）相關部門受理申請人的申請；
（3）到實際場地進行勘察以及對產品進行審核；
（4）準予頒發三類醫療器械許可證。
2、法律依據：《醫療器械監督管理條例》第十四條
第一類醫療器械產品備案和申請第二類、第三類醫療器械產品注冊，應當提交下列資料：
（一）產品風險分析資料；
（二）產品技術要求；
（三）產品檢驗報告；
（四）臨床評價資料；
（五）產品說明書以及標簽樣稿；
（六）與產品研制、生產有關的質量管理體系文件；1、經營企業提交的《醫療
醫療器械經營許可證。

醫療企業經營許可證一共有三類，其中辦理一類醫療器械許可證可以直接辦理，經營二類產品是需要辦理二類醫療器械經營備案憑證，經營三類產品則需要辦理三類醫療器械經營許可證。經營企業必須明確申請三類醫療器械經營許可證的條件并滿足相關要求。（一）具有與經營規模和經營范圍相適應的質量管理機構或者質量管理人員兩個。質量管理人員應當具有國家認可的相關專業學歷或者職稱，質量管理人應在職在崗，不得在其他單位兼職；（二）具有與經營規模和經營范圍相適應的相對獨立的經營場所；（三）具有與經營規模和經營范圍相適應的儲存條件，包括具有符合醫療器械產品特性要求的儲存設施、設備；（四）應當建立健全產品質量管理制度，包括采購、進貨驗收、倉儲保管、出庫復核、質量跟蹤制度和不良事件的報告制度等；（五）應當具備與其經營的醫療器械產品相適應的技術培訓和售后服務的能力。（六）具有與經營的醫療器械相適應的質量管理制度。

(4) A product control system shall be established and improved, Including procurement, purchase acceptance, storage, warehouse review, tracking system and adverse event reporting system; (5) It shall have the ability of technical training and after-sales service suitable with the medical devices it operates.(6) It shall have a management system suitable for the medical devices in operation.