(一)個人獨資企業強調投資主體為自然人外商獨資企業強調投資主體來自境外，可以是境外自然人、境外公司、其他境外經濟組織、無國籍人等。

(二)個人獨資企業非法人主體，投資者到企業承擔無限責任，外商獨資企業是法人主體，投資者是企業承擔有限責任，是外國自然人投資的，一般都是一個人有限責任公司。

(三)個人獨資企業不交企業所得稅，投資者會按個體工商戶經營按五級累進稅率對超額收入繳納個人所得稅，外商獨資企業繳納企業所得稅。

(四)設立外商投資企業有單獨的要求，如：必須有利于中國國民經濟的發展，采用先進的技術和設備，或全部或大部分產品出口。設立外商獨資企業，必須獲得國務院授權對外經濟貿易部長部門或國務院機關審查批準，國外投資者可向工商行政管理機關登記申請憑批準文件，領取營業執照。個人獨資企業的設立條件比較寬松，設立手續也比較簡單：只要有合法的企業名稱，有投資者申報的出資，有固定的生產經營場地和必要的生產經營條件和必要的員工，企業登記機關應在法定的期限內給予登記。除非個人獨資企業從事的業務是法律規定的，行政法規經相關部門批準的企業，無需向登記機關提交批準文件。