當事人在解決專利申請權權屬糾紛時，通常有三種解決方法：
一、自行協商解決
自行協商解決應當是當事人**的方法，其有以下優點：一、當事人自行協商，可減少矛盾激化的幾率，最小成本地化解爭議;二、可適當減少當事人為解決糾紛所投入的人力和財力;三、協商解決可能是最有效率的解決問題的途徑。
二、請求管理專利工作的部門調解
當事人不愿協商或者協商不成的，也可以請求管理專利工作的部門調解。
根據《專利行政執法辦法》的規定，請求管理專利工作的部門調解專利糾紛的，應當提交請求書。請求書應當記載以下內容：(一)請求人的姓名或者名稱、地址，法定代表人或主要負責人的姓名、職務，委托代理人的，代理人的姓名和代理機構的名稱、地址;(二)被請求人的姓名或名稱、地址;(三)請求調解的具體事項和理由。
管理專利工作的部門收到調解請求書后，會及時將請求書副本通過寄交、直接送交或者其他方式送達被請求人，要求其在收到之日起15日內提交意見陳述書。如果被請求人提交意見陳述書并同意進行調解，管理專利工作的部門會及時立案，并通知請求人和被請求人進行調解的時間和地點。被請求人逾期未提交意見陳述書，或者在意見陳述書中表示不接受調解的，管理專利工作的部門不予立案，并通知請求人。
當事人因專利申請權權屬糾紛請求調解的，可以持管理專利工作的部門的受理通知書請求國家知識產權局中止該專利申請的有關程序。
經調解達成協議的，當事人應當持調解協議書向國家知識產權局辦理恢復手續;達不成協議的，當事人應當持管理專利工作的部門出具的撤銷案件通知書向國家知識產權局辦理恢復手續。自請求中止之日起滿1年未請求延長中止的，國家知識產權局自行恢復有關程序。
三、向人民法院提起起訴
除了自行協商解決和請求專利管理部門調解之外，專利申請權人或者利害關系人可以向人民法院起訴。起訴應注意以下幾點：
1.應向省、自治區、直轄市人民政府所在地的中級人民法院和最高人民法院指定的有管轄權的法院起訴。
2.專利申請權紛的訴訟時效是從權利人知道或者應當知道之日起兩年。一般認為，發明專利申請的公布日視為當事人應當知道之日。
3.應準備充足的證據。