公司納稅申報的辦理流程如下：

1. 確定申報時間：根據稅法規定，企業應于每月、每季度、年度結束后，次月十五日內向主管稅務機關報送財務會計報表和納稅申報表。公司需要確定具體的申報時間。

2. 準備申報材料：根據不同的稅種，需要準備的材料也不同。常見的申報材料包括財務報表、納稅申報表、發票、合同等。

3. 填寫申報表格：根據具體的稅種和申報要求，填寫相應的申報表格。需要注意的是，表格填寫必須準確、完整。

4. 提交申報材料：將填好的申報表格和相關材料提交給主管稅務機關。

5. 繳納稅款：根據稅務機關的要求，按時繳納應繳納的稅款。

在辦理納稅申報時，需要注意以下幾點：

1. 遵守申報時間：企業必須在規定的申報時間內完成申報，否則可能會產生滯納金等費用。

2. 準確填寫申報表格：申報表格填寫必須準確、完整，否則可能會影響稅務機關的審核和判斷。

3. 及時繳納稅款：企業必須按照稅務機關的要求，及時繳納應繳納的稅款，否則可能會產生滯納金等費用。

公司納稅申報需要認真準備、準確填寫、及時繳納，以避免不必要的麻煩和損失。